Советское таджикоязычное самоназвание бухарских евреев — яҳудыён, то есть иудеи. В самостоятельную этноконфессиональную и этнолингвистическую подгруппу иудеи среднеазиатского региона стали формироваться начиная с 1500 года. До этого, иудеи среднеазиатского региона, афганских земель, Ирана и азербайджанских земель представляли собой единую этноконфессиональную и этнолингвистическую группу персидских иудеев[3] и проживали в существовавшем на этих территориях Тимуридском государстве, официальными языками которого были чагатайский тюрки (прото-узбекский) и персидский. Распад единой этноконфессиональной и этнолингвистической группы персидских иудеев Тимуридского государства на иранско-восточнокавказских иудеев и среднеазиатско-афганских иудеев, связан с завоеванием среднеазиатского региона в самом начале XVI века у Тимуридов кочевыми узбеками во главе с Мухаммедом Шейбани, пришедшими с севера и основавшие государство Шейбанидов (предок Бухарского и Хивинского ханств). Параллельно с этим, в Иране к власти пришли Сефевиды во главе с Исмаилом I и основали Сефевидское государство. Кочевые узбеки были суннитами, Сефевиды же — шиитами. Сефевиды и Шейбаниды были враждебны друг другу из-за религиозных мировоззрений. Вследствие этого, иудеи государства Шейбанидов и Сефевидского государства потеряли контакты между собой, что привело к процессу формирования двух иудейских подгрупп — иранско-восточнокавказских евреев и среднеазиатско-афганских евреев